Nach Jahren der Praxis wurde er 1916 zum Chefarzt des Bezirkskrankenhauses Herisau (heute Kantonsspital) ernannt. Ein grosses Anliegen war ihm die Gesundheitsvorsorge der Bevölkerung, und vehement setzte er sich für eine natürliche Lebensweise ein.

Jodmangel als Ursache

Viele Leute in der Ostschweiz litten damals an der gut sichtbaren, als Kropf bezeichneten Vergrösserung der Schilddrüse. Eggenberger fiel auf, dass in der Westschweiz lebende Menschen kaum Kropfbildungen aufwiesen.

Als Grund eruierte er das im Salz der Salinen von Bex (Waadtland) vorkommende Spurenelement Jod. In den mit Salz von den Rheinsalinen versorgten Ostschweizer Kantonen hingegen trat Kropf gehäuft auf, weil im Rheinsalz Jod in zu geringen Mengen vorhanden war. Auch das Trinkwasser in Appenzell und das Quellwasser im Rheintal wies nur zu geringe Spuren von Jod auf.

Kretinismus, Kleinwuchs und Gehörlosigkeit

Nach intensiver Forschungstätigkeit schlug Eggenberger vor, dem Salz der Rheinsalinen 10 Milligramm Kaliumjodid pro Kilogramm beizugeben. Der Ausserrhoder Regierungsrat liess sich überzeugen, und als erster Kanton veranlasste die Regierung im Vorfrühling 1922 die Kochsalz-Jodierung.

Rasch folgten andere Kantone dem Beispiel der Appenzeller. Der Erfolg gab Eggenberger Recht, und Kropfleiden sowie weitere, teilweise ebenfalls durch Jodmangel mitverursachte Erkrankungen wie Kretinismus (Schwachsinn), Kleinwuchs und Gehörlosigkeit gingen markant zurück.

Tod am Wildhauser Schafberg

Seine Freizeit verbrachte der engagierte Arzt am liebsten in der Bergwelt des Alpsteins und Toggenburgs. Nach dem Rücktritt als Chefarzt in Herisau im Jahre 1940 hatte er vermehrt Zeit für Bergtouren. Am 12. August 1946 bestieg er den Wildhauser Schafberg. Beim Abstieg stürzte er ab und wurde am nächsten Tag tot aufgefunden. Seine grossen Verdienste rund um die Bekämpfung der Kropferkrankungen aber bleiben unvergessen.