1597 trennten sich die beiden Appenzell in das katholische Inner- und das reformierte Ausserrhoden. Walzenhausen wurde ein zu AR gehörendes evangelisches Dorf. In der Folge galt es eine territoriale Lösung für das von Ausserrhoder Boden umgebenen Kloster als urkatholischer Institution zu finden.

Es wurde eine salomonische Lösung realisiert, indem das Klosterareal zu einer Innerrhoder Exklave erklärt wurde. Seither gehört es ohne Landverbindung zu Oberegg, dem sogenannten äusseren Land von Innerrhoden. Kam es früher häufig zu Reibereien zwischen dem Kloster und Walzenhausen, so herrscht heute gegenseitige Wertschätzung.

Die seit Jahrhunderten bestehende Klosterapotheke bringt täglich aus der ganzen Ostschweiz, aus Vorarlberg und dem süddeutschen Raum stammende Kunden nach Walzenhausen, die sich von den heilkundigen Kapuzinerinnen beraten und bedienen lassen.