Der Blattenberg ist der östlichste Ausläufer des im Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler (BLN) verzeichneten «Säntisgebiet», welches die gesamten Kalkgebirge des Alpsteines vom Toggenburg bis ins Rheintal umfasst. Auch im überregional bedeutenden Wildtierkorridor SG10 kommt dem Blattenberg besondere Bedeutung zu.
Er stösst als Ausläufer des Alpsteines bis tief in die Rheinebene vor und ermöglicht so im Bereich der A13-Ökobrücke in Rüthi eine Vernetzung zum Rhein und dem Illwald jenseits der Grenze. Die flachgründigen Böden mit vielen Felsaufstössen haben vor allem im Westteil des Blattenberges ein reiches Mosaik an Strukturen wachsen lassen.